歴史
高山陣屋はもともと飛騨高山藩主金森氏の所有する下屋敷でしたが、1692年（元禄5年）に幕府が飛騨を直轄領とした後、伊奈忠篤らによって整備され、代官所として使用されるようになりました。1777年（安永6年）以降は郡代役所となりました。
明治維新後は筑摩県の高山出張所（後に岐阜県高山支庁）庁舎として使用されました。1929年（昭和4年）に国の史跡に指定されましたが、様々な公共機関の事務所として利用され続けました。
戦後も県事務所として使用されましたが、1969年（昭和44年）に県事務所が移転した後、現存する唯一の陣屋として文化財として保存される方針が示されました。
1996年（平成8年）3月には、1830年（天保元年）の絵図を基に約20億円をかけて蔵番長屋、郡代役宅、奥座敷などがほぼ江戸時代の状態にまで復元されました。
現存建物
郡代役所の部分（玄関、吟味所、御役所、大広間など）は1816年（文化13年）に改築されました。
敷地内の土蔵は、元々慶長年間（1600年前後）に高山城内に建設され、1695年（元禄8年）に現在地に移築されたものです。屋根は熨斗葺（のしぶき）、柿葺（こけらぶき）、石置長榑葺（いしおきながくれぶき）などの板葺きで、これは飛騨が雪国であり木材の生産地でもあったためです。瓦は雪で損耗しやすいのに対し、木材は入手が容易でした。